例によってエロスケのコピペです。
ネタバレなので追記へ。
Dive2のための伏線メモ

空、真
・真が昔、甲にしてしまった取り返しのつかないこととは何か
・真が甲を必要としていたとき、甲がいなかったので真は心を開かなかった。この出来事とは何だったのか
・空と真の後見人は誰なのか
・灰色のクリスマスに空が直樹に頼まれたこととは何か
・空と甲が急接近した出来事とは何か、これにより千夏とは結ばれなかった
・エージェントとクゥの関係性
・空の生死

亜季
・何故アークは事件の真相を公表しなかったのか
・アーク、聖良の真意とは
・エスには一体何が隠されているのか
・箱舟計画とは何なのか
・甲が亜季を避けていた理由は傭兵・シュミクラム乗りになっていた以外にも理由があるらしい
・クゥがどうなったのか、亜季の言動を察すると悲惨な死に方をした模様
・クゥを量産した理由とは
・GOAT工作員が言っていたアークに幽霊がいるとはどういうことか、さりげなく話したけどNPCなんかありえない幽霊だ
通行人を捕まえて感情移入度テストなんかできない等から察するとエスの境界とは別に何かある模様、通行人と言っているのでクゥ関連でもない

ノイ
・作中で言っていた気になることとは何か
・外見について、デザイナーズチャイルド、失敗作、親の趣味等
・真の主治医なのかどうか、大会での出来事、ずいぶん小さな体格、子供等
・アセンブラとの因縁とは何か

神父
・レインルートでジルベルトが神父化したのはなぜか、又、死体はどこへ消えたのか
・死んだはずの神父がなぜ生き返ったか
・神父と甲の因縁とは何か
・アークとドミニオンは光と影、亜季とは逆のことをしているということから恐らく死んでからリアルにするか、その逆かという意味

直樹
・理性が保てない、記憶があいまいなのはなぜか
・結局、研究所の爆弾予告やアセンブラ流出は直樹の仕業なのか
・直樹とアーク社との因縁とは何か
・直樹が甲に飲ませた薬とは何か、恐らくエージェント関連
・寮にいた人たちが一気にいなくなったこと、直樹のみいなくなっていない

世界に関して
・千夏の夢や主人公の言動等から察すると周回を重ねるごとに記憶が継承されている模様
・菜葉が死んで神父と決闘をしていた未来があったかもしれない
・記憶の流入、世界をやり直している、シミュレーション、世界の管理者がいるのか
・自分たちのリアルが偽りで未知の存在により再現された世界とはどういうことなのか
・灰色のクリスマスは本当に現実で起こったことなのか、起きていれば世界が本当の姿になったかもしれないとはどういうことなのか

その他
・OPのグングニールの発射時間の誤差
・甲と菜葉が生きることを諦観したとき言っていた永二の失敗とは何か
・八重が命をかけて止めたというトランキライザー、八重の電脳症の背景には何か裏がある?、その出来事とは何か
・千夏ルートの最終章でグングニールが停止・誤射した理由とは
・千夏が告白後に言っていた、叶わなかった初恋が叶ったのに何でこんなにつらいんだろう、この言葉を前にも聞いたような気がする、いつ、誰であったか
・灰色のクリスマスでマザーのコントロールを奪った未知の存在とは、千夏ルートでも起こったことなので直樹でもない
・エージェントのペンダントの数、恐らくループ回数